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临床医学是全国首批具有博士和硕士学位授予权的学科，拥有内科学（传染病）、临床检验诊断学、儿科学、神经病学4个国家重点学科，进入ESI全球排名前1%。

现有院士1名，千人计划专家3人，长江学者5人，青年千人计划专家2人，青年长江学者1人，杰出青年基金获得者4人，百千万人才工程国家级人选7人，“973”首席科学家2人。

该学科已建成30个国家级、省部级重点实验室及工程中心，形成“学士-硕士-博士-博士后”完整临床医学人才培养体系。

近五年，该学科承担科研项目2000余项，其中国家级项目650余项，经费5.75亿余元；获省部级以上科研奖励50余项，其中国家级奖励2项。

药学是重庆市一流学科,下属的药理学与毒理学进入ESI全球学科排名前1%。该学科为一级学科硕士、博士学位授予点和博士后科研流动站。该学科与临床医学、基础医学、生物医学工程等多学科交叉融合，形成了具有特色的二级学科方向，建立了系统的药学人才培养体系，已成为国内优秀药学人才的培养基地。

该学科拥有4个省部级科研平台。近五年，主持NSFC等科研项目60余项，经费近千万元；获发明专利授权31项；参与主办《儿科药学杂志》；转让成果多项，为企业创造经济效益数千万元。

生物医学工程学是重庆市一流学科，该学科具有本科—硕士—博士—博士后完整的人才培养体系,主要从事高强度聚焦超声（HIFU）技术的生物医学工程理论与临床应用相结合的研究，成功研制了具有我国自主知识产权的超声治疗系列设备，已出口26个国家，治疗患者200万余例。

近年来，本学科点先后承担了国家重大仪器专项1项、国家973计划项目1项、国家“十二五”科技支撑计划1项、国家“十一五”科技支撑计划1项、国家自然科学基金委重点项目2项、杰出青年基金项目1项等国家级项目，获准科研经费1亿余元，获得2000年国家技术发明二等奖1项、2010年国家科技进步二等奖1项等。